王琦（黨委書記），主持學校（科學院）黨委全面工作。負責黨建、巡察、宣傳教育、意識形態、統一戰線、文明創建、國家安全、機要保密等工作。分管黨委辦公室、巡察工作辦公室、宣傳部（新聞中心）、統戰部。

彭代銀（黨委副書記、校長），主持學校（科學院）行政全面工作。負責發展規劃、審計、法治和信訪工作、學科建設、高等教育研究、外事、港澳臺事務、校友會、檔案管理等工作。分管校長辦公室（校友辦、檔案館）、發展規劃處（學科建設辦公室、高等教育研究室、法規辦）、審計處、外事辦、港澳臺辦。聯系中醫學院、藥學院、第一臨床醫學院（第一附屬醫院、安徽省中醫院）。

張永群（黨委副書記），負責組織建設、干部隊伍建設、黨校、思想政治理論課建設、學生思想政治教育與管理、學生就業、扶貧資助、離退休、關心下一代、教代會、群團、基金會、醫院醫療等工作。分管組織部（黨校）、學生處（學工部）（學生資助中心、心理健康教育中心、就業指導中心）、醫院事務管理處、離退休工作處（關工委辦公室）、工會、團委、機關黨委。聯系針灸推拿學院（康復醫學院）、中西醫結合學院（生命科學學院）、馬克思主義學院、第四臨床醫學院（非直屬附屬醫院）。

戴 敏（副校長），負責研究生教育、財務、資產管理、圖書資料等工作，分管研究生院、財務處、國有資產管理處（招標辦）、圖書館。聯系醫藥信息工程學院、第三臨床醫學院（第三附屬醫院、安徽省中西醫結合醫院、神經病學研究所）。

魏 驊（黨委常委、副校長），主持省中醫藥科學院日常工作。負責師資隊伍建設、科技、人民武裝、安全穩定、新校區建設、后勤保障等工作。分管人事處（教師工作部）、科技處（中醫藥科學院綜合辦公室）、總務處（校醫院）、保衛處（武裝部）、科研技術中心（新安醫學教育部重點實驗室）。聯系醫藥經濟管理學院、護理學院、第二臨床醫學院（第二附屬醫院、安徽省針灸醫院）。

石金明（黨委常委、紀委書記、省監委駐學校監察專員），主持學校紀委、省監委駐學校監察專員辦公室全面工作。負責紀律檢查、監察調查等工作。分管紀委辦公室，協管巡察工作辦公室。

許釩（黨委常委、副校長），負責本科教學、繼續教育、體育、招生、網絡信息建設、資產經營管理等工作。分管教務處（招生辦公室）、網絡信息中心、繼續教育學院、創新創業學院、新安書院、教學評價與教師發展中心（教學督導辦公室）、資產經營公司。聯系人文與國際教育交流學院、體育健康學院。

高懷荃（督導員），協管專項工作。